Na základě změn ve školské legislativě se na Základní škole Protivín ustanovilo školní poradenské pracoviště. Jeho činnost zajišťuje výchovný poradce pro 1. stupeň, výchovný poradce zaměřený na kariérní poradenství, školní metodik prevence a také speciální pedagogové.
Speciálně pedagogická péče probíhá zejména formou pedagogických intervencí a reedukační péče (náprav), zaměřuje se na podpůrná opatření žákům se speciálními vzdělávacími potřebami. Dále nabízí průběžnou i dlouhodobou péči o děti s neprospěchem, věnuje se žákům z minoritních skupin i dětem cizinců. Speciální pedagogové spolupracují s asistentkami. Nedílnou součástí jejich práce jsou konzultační služby žákům, jejich zákonným zástupcům i pedagogům.
